در روز بيستم جمادى الثانى 1320 هجرى قمرى مطابق با 30 شهريـور 1281 هجرى شمسى ( 24 سپتامپر 1902 ميلادى) در شهرستان خمين از توابع استان مركزى ايران در خانواده اى اهل علـم و هجرت و جهاد و در خـانـدانـى از سلاله زهـراى اطـهـر سلام الله عليها, روح الـلـه المـوسـوى الخمينـى پـاى بـر خـاكدان طبيعت نهاد .
او وارث سجاياى آباء و اجدادى بـود كه نسل در نسل در كار هـدايـت مردم وكسب مـعارف الهى كـوشيـده انـد. پـدر بزرگـوار امام خمينـى مرحوم آيه الـله سيد مصطفى مـوسـوى از معاصريـن مرحـوم آيه الـلـه العظمـى ميرزاى شيـرازى (رض) که پـس از آنكه ساليانـى چنـد در نجف اشـرف علـوم و معارف اسلامـى را فـرا گرفته و به درجه اجتهـاد نايل آمـده بـود بـه ايـران بازگشت و در خمـيـن ملجأَ مردم و هادى آنان در امـور دينـى بـود. در حـالـيكه بيـش از 5 مـاه از ولادت روح الـلـه نمى گذشت, طاغوتيان و خوانين تحت حمايت عمال حكومت وقت نداى حق طلبـى پـدر را كه در برابر زورگـوئـيهايشان بـه مقاومت بـر خاسته بـود, با گلـوله پاسـخ گفـتـنـد و در مـسير خمـيـن به اراك وى را بـه شهادت رسانـدنـد. بستگان شهيـد بـراى اجراى حكـم الهى قصاص به تهران (دار الحكـومه وقت) رهـسـپار شـدند و بر اجراى عـدالت اصـرار ورزيدند تا قاتل قصاص گرديد
بديـن ترتبيب امام خـميـنى از اوان كـودكى با رنج يـتـيـمىآشـنا و با مفهوم شهادت روبرو گرديد. وى دوران كـودكـى و نـوجـوانى را تحت سرپرستى مادر مـومـنـه اش (بانـو هاجر) كه خـود از خاندان علـم و تقـوا و از نـوادگان مـرحـوم آيـه الـلـه خـوانسـارى ( صاحب زبـده التصانيف ) بوده است و همچنيـن نزد عمه مـكـرمه اش ( صاحبـه خانم ) كه بانـويى شجاع و حق‌جـو بـود سپرى كرد اما در سـن 15 سالگى از نعمت وجـود آن دو عزيز نيز محـروم گـرديد .